游艇app官方版下载_app下载


  • 免费服务热线
  • 400-065-6886
  • 电话:86(0)512-6295 9990
  • 传真:86(0)512-6295 9995
公司公告

【昊文章】天昊WGS平台助力客户解析PFIC1疾病未能被WES技术检出的致病突变-- ATP8B1 基因的大片段缺失/重复

发稿时间:2021-09-25来源:天昊生物


下面小编就带大家一起学习一下这篇文章,

看看这次的致病位点如何被WES忽略,却又能被WGS发现


英文题目:Whole-genome sequencing reveals large ATP8B1 deletion / duplications as "second mutations" missed by exome-based sequencing

中文题目:全基因组测序发现ATP8B1大片段缺失/复制是外显子测序所遗漏的 "第二个致病突变"

发表期刊:《JOURNAL OF MOLECULAR DIAGNOSTICS》

影响因子:5.57


●进行性家族性肝内胆汁淤积症1型(PFIC1)是由ATP8B1的双等位基因突变引起的。

●在一些被临床诊断为FIC1疾病的患者中,最初的基因检测(Sanger测序和panel测序)只发现了一个已证实或预测的ATP8B1的致病变异。 


对临床诊断为FIC1疾病但没有基因诊断的患者(即只检测到一个已知的ATP8B1变异)进行WGS筛查,以探究WGS是否可以 检测到新的ATP8B1变异。


样本收集:回顾了从2004年8月到2019年10月收集的非亲属关系的患者的遗传结果,这些患者有肝内胆汁淤积症,且血清γ-谷氨酰转肽酶活性正常、血清总胆汁酸(TBA)升高。从40名临床诊断为高度疑似ATP8B1疾病的患者中,排除了那些通过Sanger测序(26例)和panel测序(6例)确定为携带ATP8B1的双致病突变的患者。剩下的8名患者中,均只有一个被证实的ATP8B1致病变异,其中7人被临床诊断为PFIC1,第8人被临床诊断为良性复发性肝内胆汁淤积症1型。有4名PFIC1患者有DNA样本,被选择用于WGS检测。

实验方法:WGS(30X);一代验证;cDNA测序等。上海天昊提供了WGS实验和相关数据分析支持。

◆WGS的遗传发现

在P1、P2和P3中,各发现一个SV(ATP8B1的三个不同重排),包括一个拷贝数缺失和两个拷贝数重复。

1)在P1中,NC_000018.9:g.55396649_55403075之间的测序深度下降,表明有一个6426bp的缺失(图1)。通过Integrative Genomics Viewer对映射的read进行分析,确定断点位于内含子1和内含子2。精确的断点和长度通过Sanger测序确定为NC_000018.9:g.55396652_55403080,长6427 bp(图1)。据预测,这将导致第2外显子的完全丧失。该外显子包含ATP8B1翻译的四个转录本的起始密码子,因此会导致ATP8B1合成的完全丧失(NP_001361314.1)。

2)在P2中,通过Integrative Genomic Viewer查看器确定了一个10,717bp的重复,位于NC_000018.9:g.55335903_55346620,串联在基因的方向上,断点位于内含子15和内含子18(图1)。Sanger测序确定了精确的断点为NC_000018.9:g.55335906_55346620,长度10,715 bp。这导致了16至18号外显子的重复,导致读码框迁移和形成一个提前终止密码子:p. Leu700ValfsTer15(NP_001361314.1)。这可能导致ATP8B1的截短形式蛋白的合成。

3)在P3中,通过Integrative Genomic Viewer查看器确定了一个2303bp的重复,位于NC_000018.9:g.55362031_55364334,串联在基因的方向上,断点位于内含子8和内含子10(图1)。Sanger测序确定了精确的断点为NC_000018.9:g.55362063_55364293,长度2231 bp。这导致了9至10号外显子的重复,导致读码框迁移和形成一个提前终止密码子:p. Gly314-GlufsTer4 (NP_001361314.1),预测结果导致无义介导的mRNA衰变。这三个CNV在基因组聚集数据库和内部数据库中都不存在。这三个变异的更多信息可以在Clinvar中找到(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar),其登录号为SCV001775481, SCV001775482, 和SCV001775483。4)P4中,没有找到相关结构变异,但是我们重新分析了一个ATP8B1的罕见同义突变(NM_001374385.1:c.1029G>A,P_001361314.1:p.Thr343Thr)。该变异是父系遗传的,涉及第11号外显子的最后一个碱基,在最初的测序中被忽略了。人类拼接搜索器分析预测c.1029G>A破坏了一个供体位点,提示了其致病性。碱基替换和复合杂合状态通过Sanger测序进行了验证。由于P4患者没有肝组织,但是ATP8B1也在血液中表达。通过对血液表达的ATP8B1进行cDNA测序,只检测到了携带已知ATP8B1突变的序列,提示携带c.1029G>A的转录本发生了降解.

图1 Structural variants identified in three patients by whole-genome sequencing (WGS)


WGS使我们能够从遗传学上确认ATP8B1疾病在四名患者中的存在。其中三名患者(P1至P3)的变异在数据库中没有记录,它们位于内含子的深处,并且是大片段的SV(g.55396652_55403080del,g.55335906_55346620dup, and g.55362063_55364293dup),都不在外显子测序所能检测的范围内。WGS还促使人们注意到P4患者中的同义变体 (c.1029G>A, p. Thr343Thr),这个位点在WES中检测到了,但是被忽略了。

这项研究表明,WGS检测是对疑似ATP8B1疾病的常规遗传学诊断的补充。其结果拓展了ATP8B1疾病中已知的遗传变异范围,并详细说明了ATP8B1的第一个基因组重复与肝内胆汁淤积症有关,它还说明了ATP8B1的一个同义变异的致病性


相关文章链接:

询沟通请联系

18964693703(微信同号)

创新基因科技,成就科学梦想







Copyright © 2012-2022 游艇app官方版下载    All Rights Reserved   
Baidu
sogou